Les substrats fluorogènes sont des peptides synthétiques qui réagissent avec des enzymes protéolytiques en libérant une couleur qui peut être suivie par spectrophotométrie et dont l’intensité est proportionnelle à l’activité protéolytique de l’enzyme.
Typiquement, de tels substrats sont composés de 3 à 5 acides aminés naturels ou artificiels. Leurs structures peuvent être protégées en N-terminal pour réduire la dégradation indésirable par les aminopeptidases. Leurs extrémités C-terminales sont modifiées de sorte que, lors du clivage de la liaison amide, un groupe fluorogène est libéré. Le groupe le plus couramment utilisé est le 7-amino-4-méthylcoumarine (AMC) avec une excitation à longueur d’onde de 342 nm et une émission à la longueur d’onde de 440 nm.