Un cofacteur est une substance chimique, qui se lie à une protéine, et qui est nécessaire à l'activité biologique de celle-ci. Ces protéines sont souvent des enzymes, et les cofacteurs peuvent être considérés comme des « molécules d'assistance » aidant aux transformations biochimiques.
La thrombomoduline (TM) est le récepteur de surface cellulaire de la thrombine. Lorsque la TM est liée à la thrombine, l'activité procoagulante de la thrombine est bloquée. Ce complexe active la protéine C à la surface de la cellule endothéliale. En présence de son cofacteur, la protéine S, elle agit comme un puissant anticoagulant en inactivant les formes actives du FV, FVIII, interrompant ainsi la formation de nouvelles molécules de thrombine. La fixation de la TM au chondroïtine-sulfate, la thrombine liée à la TM ne peut plus activer ses substrats (fibrinogène, FV) ni induire l'agrégation plaquettaire.
Les plaquettes, les monocytes et les neutrophiles contiennent de petites quantités de TM par rapport aux cellules endothéliales cultivées. Une analyse détaillée de la thrombomoduline circulant dans le plasma humain a révélé des fragments plus petits ou des formes dégradées qui sont considérées comme ne possédant qu'une fonction limitée. Les taux plasmatiques de TM ont été utilisés comme marqueur pour les lésions des cellules endothéliales in vivo.